João Pedro fez suas primeiras participações no time principal do Palmeiras em 2014, ainda com 17 anos. Em 2017, passou o ano emprestado à Chapecoense; este ano, estava emprestado ao Bahia. Conquistou os campeonatos estaduais nesses dois anos.
Pelo Palmeiras, foi campeão da Copa do Brasil em 2015 e Brasileiro em 2016. Disputou ao todo 39 partidas pelo clube, marcando dois gols.