A Copa do Brasil de 2000 foi disputada por 69 times em formato de eliminatória, com jogos de ida e volta em todas as fases. Os times que disputavam a Libertadores naquele ano - caso do Palmeiras - entraram na chave a partir das oitavas-de final.
Nem essa concessão, no entanto, permitiu ao Palmeiras disputar a competição com a devida atenção. Os primeiros compromissos, contra o ABC, aconteceram entre as semifinais e finais do Paulista e da Libertadores - os épicos confrontos contra Santos, SCCP e Boca Juniors.
Assim, o Palmeiras conseguiu a classificação para as quartas-de-final com dois empates - 3 a 3 no Machadão, em Natal, e 1 a 1 no Palestra - o Verdão avançou pela regra do gol qualificado.
O confronto seguinte foi contra o SPFC, já após as finais do Paulistão e da Libertadores. Em clima de fim de festa, o Verdão teve neste duelo os últimos jogos de muitas peças importantes do elenco, já que a cogestão com a Parmalat estava em vias de ser encerrada.
De forma melancólica, o Verdão foi eliminado com duas derrotas - 2 a 1 no Morumbi e 3 a 2 no Palestra. E assim Felipão encerrou sua primeira passagem pelo Palmeiras.
