A Copa do Brasil de 2016 foi disputada no formato de mata-mata por 86 clubes. Seis clubes, dentre eles o Palmeiras, entraram direto na chave final, a partir das oitavas-de-final. Os 80 clubes restantes disputaram as outras vagas em dez chaves de oito, sempre em mata-mata.
O Palmeiras passou com tranquilidade pelo Botafogo-PB nas oitavas-de-final - após vencer por 3 a 0 no Allianz Parque, o time reserva administrou a vantagem no Almeidão e avançou mesmo perdendo por 1 a 0.
Nas quartas-de-final, um velho conhecido: o Grêmio. A derrota por 2 a 1 em Porto Alegre dava ao Verdão o direito de avançar com uma vitória simples no Allianz Parque, três semanas depois.
No jogo decisivo, mesmo com oito reservas, já que estava plenamente focado na conquista do Brasileirão, o Palmeiras ia conseguindo o placar com um gol de Thiago Martins. Mas Allione acabou expulso numa jogada infantil, e o jogo, que parecia controlado, se tornou problemático. Everton empatou aos 30 do segundo tempo e o Palmeiras não conseguiu fazer o gol que levaria a disputa para os penais. O Grêmio avançou para as semis contra o Cruzeiro e acabou conquistando o título em cima do Atlético-MG.
