Mesmo sem títulos em 1964, o Palmeiras acreditou no forte elenco e na capacidade de Filpo Nuñez para a temporada de 1965. Mesmo com a saída de Vavá, em princípio, nenhum grande craque foi contratado.

Uma grande excursão foi realizada entre janeiro e fevereiro, passando por Mato Grosso, Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Pará. Em dez jogos, foram 8 vitórias, um empate e apenas uma derrota, o que aumentou a confiança numa boa campanha.

E as expectativas se confirmaram já na disputa do Rio-São Paulo, entre fevereiro e maio. Disputado em dois turnos, o torneio foi completamente dominado pelo Palmeiras, que venceu o primeiro turno, só contra equipes paulistas, com uma campanha avassaladora de 7 vitórias e 2 empates.

Na fase seguinte, contra equipes dos dois estados, nova supremacia e a vitória por 3 a 0 sobre o Botafogo sacramentou a conquista do segundo turno, dispensando a disputa de finais. O Verdão foi campeão amealhando 27 dos 32 pontos possíveis e marcando 49 gols, contra 32 do segundo melhor ataque.

O time estava voando com Dudu e Ademir coordenando o meio do campo; o ataque, com Ademar Pantera, Servílio, Tupãzinho e Rinaldo fazia a torcida esquecer de Vavá e até de Julinho, que estava em fim de carreira e cujas negociações para a renovação de contrato se arrastavam.

Depois de nova série de amistosos, desta vez somente contra adversários paulistas, o Palmeiras disputou em julho um torneio para comemorar o Quarto Centenário da fundação do Rio de Janeiro. Depois de golear a seleção paraguaia por 5 a 2, o Verdão levantou mais um título no Maracanã ao vencer na final o Peñarol, nos pênaltis, após empate sem gols no tempo normal.

O início do estadual foi marcado por uma lesão no joelho sofrida por Tupãzinho. O craque ainda insistiu em jogar até o fim de setembro, mas acabou tendo que ceder e realizar uma cirurgia que o tirou de combate entre outubro e o meio de dezembro.

Mesmo assim, o avante gaúcho ainda deixou sua marca num dos jogos mais emblemáticos da História do Palmeiras, quando o clube representou a Seleção Brasileira no dia 7 de setembro, em partida que foi o ponto alto das festividades da inauguração do estádio do Mineirão. Em exibição de gala, o Verdão vestiu a camisa amarela da CBD e aplicou 3 a 0 no Uruguai, uma das seleções mais fortes do mundo. Rinaldo e Germano completaram o placar.

Veio a disputa do Campeonato Paulista e tudo corria bem até a rodada 15, quando Tupã deixou o time para se submeter à cirurgia no menisco: três tropeços seguidos, contra Comercial, Portuguesa e Noroeste, tiraram o time do rumo. Filpo Nuñez pediu demissão e Mario Travaglini voltou a assumir o time.

O Palmeiras passou a dividir as atenções entre o estadual e a Taça Brasil. Colocado na disputa a partir das quartas-de-final, o Verdão precisou da terceira partida para passar pelo Grêmio e se classificar para as semifinais, contra o Santos, ao mesmo tempo em que engatava uma sequência de vitórias no Paulista e tentava tirar o prejuízo.

Na disputa contra o Santos, o Palmeiras tinha mais desfalques importantes além de Tupãzinho: ninguém menos que Valdir e Ademir da Guia. Mesmo assim, foram dois jogos duros, e o Santos passou com uma vitória por 4 a 2 e um empate por 1 a 1.

O Verdão seguiu vencendo todos os adversários no Paulista, mas não foi suficiente para alcançar o Santos. Mesmo assim, no jogo em que o time praiano recebeu as faixas, o Palmeiras deixou seu carimbo em tarde inspirada: 5 a 0, com Pelé e tudo. O ano de 1966 prometia mais grandes embates entre os dois clubes.