Zé Rafael teve sua primeira temporada de destaque no Londrina, em 2015, quando foi o destaque do time vice-campeão da Série C, subindo para a Série B. No ano seguinte, repetiu o bom desempenho – o Londrina ficou em sexto lugar, a três pontos do Bahia, quarto colocado que voltou à Série A e levou junto o meio-campista, nascido em Ponta Grossa, no Paraná.
No Bahia, Zé Rafael manteve a performance de destaque, convertendo-se no melhor jogador do elenco e liderando o time no título da Copa do Nordeste de 2017, conquistando, desta forma, a torcida.
Em 2018, foi importante mais uma vez na conquista do campeonato baiano e mantinha o alto nível em campo até que passou a perder rendimento, alegadamente por já estar com a cabeça no Palmeiras. De fato, o jogador tinha acerto com o Verdão há vários meses, mas o fato só foi tornado público agora.
A torcida tricolor responsabilizou o atleta pela eliminação na Copa Sul-Americana, em confronto contra o Atlético-PR, quando ele bateu um pênalti por cima do travessão na disputa na Arena da Baixada. Mesmo assim, ele absorveu as críticas e voltou a jogar em alto nível na reta final de sua passagem por Salvador.
Zé Rafael chega para disputas vagas com Gustavo Scarpa, Lucas Lima, Moisés, Guerra e Hyoran, além de Raphael Veiga, que deve voltar do empréstimo para o Atlético-PR. Seja bem-vindo Zé Rafael!