O Campeonato Paulista de 2016 foi disputado por 20 equipes, divididas em quatro grupos de cinco, com os clubes grandes sendo os cabeças de cada grupo. Cada equipe jogaria 15 vezes, somente contra as equipes dos outros grupos.
Ao final da fase de classificação, os dois melhores de cada grupo disputariam um mata-mata em jogo único, cujo vencedor se classificaria para as semifinais. O Palmeiras venceu seu grupo, que ainda tinha o São Bernardo, o Novorizontino, a Ponte Preta e o Ituano.
O Verdão venceu o São Bernardo, segundo colocado de seu grupo, por 2 a 0, e avançou à semifinal, também a ser disputada em jogo único, contra o Santos. O jogo foi na Vila Belmiro, já que o Santos tinha campanha melhor. O time da casa jogava bem e construiu um placar de 2 a 0. Tudo parecia perdido, até que Rafael Marques, com dois gols após os 40 minutos do segundo tempo, devolveu o Palmeiras ao jogo.
A decisão da vaga foi para os pênaltis e o Verdão ficou em vantagem após gol de Cleiton Xavier e de Lucas Lima errar a primeira cobrança. Ms o Santos acertou suas três batidas seguintes; Barrios, Rafael Marques e Fernando Prass desperdiçaram, e o Santos avançou à final, para vencer o Audax e chegar ao título.
